生產組織方式的沖突
為保證公司利潤持續提升，生產車間各工序追求更高的生產效率、物流搬運效率，希望大批量的生產及搬運。市場客戶及銷售希望盡快的交貨，更快的訂單響應周期，希望用更小的加工批量，當完成一件產品加工后，不要停止立即傳遞給下一工序，直至到客戶手中，這時大批量與小批量形成沖突。
為保證公司利潤持續提升，生產車間各工序追求更高的生產效率，更低的制造成本，傾向于設備連續生產，不要經常的更換模具、產品。銷售希望更及時的交付，滿足市場客戶的需求，因此有希望當客戶有需求時就要立即更換模具。這時模具的更換與不更換形成沖突。
為保證公司利潤持續提升，生產部為防止訂單無法及時交付，希望公司預備更多的原材料、半成品、成品庫存，一旦有訂單后立即可以生產發貨。而公司運營需要降低成本 ，防止無效庫存的貨損、報廢，因此傾向采取壓縮一切庫存的行動。這時保有庫存與減少庫存發生沖突。
為保證公司利潤持續提升，生產部各車間為提高工序的生產效率，傾向將同類訂單一起加工，以減少切換，降低損耗。而生產計劃必須按客戶訂單的先后次序、緊急程度來安排計劃，下單至生產車間。這時集中生產與分批分次生產，發生沖突。
為保證公司利潤持續提升，生產車間各工序追蹤生產效率更高，希望設備、人員不要休息，而計劃部為控制半成品及成品庫存，在沒有訂單或客戶需求下，希望個別不緊急的工序停止下來。這時每個工序都要不停生產與沒有訂單需求就要停產沖突。
產品開發部的沖突
為保證公司利潤持續提升，產品開發部為了保證市場競爭中持續獲勝，傾向開發新品應對市場競爭。而同時為了提高現有客戶的滿意度，必須關注現有客戶當下的需求。這是開發新品與關注老客戶需求發生沖突。
為保證公司利潤持續提升，產品開發部需盡快完成新產品的開發任務，在項目及手頭工作任務選擇時，傾向選擇新開發的項目。而為了保障現有開發項目不被延誤，在選擇項目時，以推遲新開發項目啟動為前提。這時啟動更多新項目與推遲新項目啟動發生沖突。
生產運營分工后的核心突破！
為保證公司利潤持續提升，希望提高每個崗位、工序的能力，因此選擇對個別工序效率進行評價、考核、激勵，有時甚至排名。同樣了為保障各部門相互合作，共同攻克跨部門重大難題，公司應放棄對個別工序效率評價的作法。這時對個別工序進行評價與不評價產生沖突。
同理，升華為為保證公司利潤持續提升，公司希望提升每個崗位、工序的能力，因此選擇部分最優的管理方式，同樣了為保障公司效率提升，需各大家相互合作完成工作，一起解決重大問題，公司必須采取全體最優的管理方式。這是局部最化與整體最優產生沖突。
如何化解生產運營中的問題與沖突？
TOC發明者高德拉特博士，在他的《目標》提出了”有效產出會計“概念，有效的規避了傳統成本會計的一些弊端，他在不同場合不遺余力地宣揚傳統會計是“生產力的敵人”這一觀點。
有效產出會計與傳統成本會議的差異：
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有效產出會計認為，只有銷售完成才可計為收入，而成本會議只要生產加工后，即可納入成本核算分攤。因此會鼓勵加大無效生產，增加庫存的同時，攤薄生產成本；
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有效產出會計認為，系統的產出由瓶頸決定，而成本會計的假設所有工序是一樣的重要，從而導致了成本會計經常出現決策失誤。
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有效產出會計認為，企業系統的能力，不取決于企業各價值鏈條“強度”，加強其它非瓶頸環節的強度，對企業總強度無效，而成本會議以鏈條的“重量”為衡量標準，加強每個鏈條的強度，均可增強企業價值。
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TOC有效產出理念，強調整體目標最大化，不追求非瓶頸工序的高效生產。
T: 有效產出(Throughput,T)，售價–材料成本（材料成本含外包成本）OE: 營運費用(OperatingExpense）組織產生T所需的錢，它是公司的經常開支，即使不開工，也必須支付(如薪資，租金，折舊等等)。
I:投資在組織上的錢，可以是資產也可以是負債(例如存貨，應收帳款，機器設備等等)
成本世界 與 有效產出世界的沖突
因現代企業內部組織化分工，將完整的產品、服務，交由多個不同部門、崗位分工完成，其完整的產品價值鏈被人為的分割成幾個部分，分工產生效率的同時，又不失損失整體的利益，也就是合工（組織）要解決的問題。當企業未認清這個問題，并過于強調、追求局部效率情況下，極易損失掉企業的整體效益，這就是局部效率與整體效益的沖突。這個沖突，若得不到充分認識，并站在頂層整體的視角來應對，將很難由局部自行來解決，會進一步演變成更為復雜的問題。
解決之道：一、放棄追求局部成本最低，轉換為有效產出理念，在所有投資、訂單承接、費用控制決策時，始終依整體利益最大化做出判斷。二、針對各沖突尋找雙贏的“第三選擇”舉措來化解沖突，營造共同識別核心問題，聚焦瓶頸突破，集體行動持續改善的氛圍。三、規避、減少組織分工時價值鏈的割裂；四、避免過于追求局部效率最大化的激勵政策。